In de laatste twintig jaren van zijn werkzame leven bewaarde Vermeulen zijn muziekmanuscripten in een grote kist. Van tijd tot tijd werd de stapel aangevuld met de verzamelde schetsen, voorstudies en partituur van een zojuist voltooid werk. Een groot deel van de inhoud van deze kist is nu op de website ontsloten. De editores hebben ervoor gekozen waar geen significante verschillen waren dubbele exemplaren van een werk niet op te nemen. Ook niet alle invallen die genoteerd werden op blocnotes of losse bladen muziekpapier zijn gebruikt.
Toen Vermeulen in augustus 1946 na een vijf en twintigjarig verblijf in Frankrijk terugkeerde naar Nederland moest hij wat zijn bagage betreft keuzes maken: er was maar een beperkt aantal kilo's toegestaan in die naoorlogse tijd. Of dat de reden is dat er van de werken tot en met de Vijfde symfonie aanzienlijk minder schetsen bewaard zijn gebleven of dat Vermeulen zelf al in een eerder stadium een selectie had aangebracht kan nu niet meer worden vastgesteld.
Een groot formaat schetsboek (1919-1943) is in de kist aangetroffen. Het begint met het trompetsignaal waarmee de Tweede symfonie opent. Verderop in het boek, ook als we het omdraaien, treffen we schetsen van de Vierde en Vijfde symfonie aan, alsmede de Tweede cellosonate.
Opmerkelijk is het blad waarop Vermeulen kort voor Pasen 1944 de zangstem noteerde van Le balcon ('Mère des souvenirs, maîtresse des maîtresses'), het lied dat hij concipieerde als lofzang op de liefde voor zijn eerste vrouw Anny. Toen hij in de zomer van 1962 de tekst van het derde lied van de Trois chants d'amour (Hymne van Charles Baudelaire) gevonden had, heeft hij dat blad, waarvan de achterzijde nog onbeschreven was, uit de kist opgediept. Voor Thea hief hij zijn laatste liefdeszang aan: 'A la très-chère, à la très-belle'. Op de website zijn de twee zijden losgekoppeld en ieder onder het betreffende lied gerangschikt.
Het oeuvre is niet compleet in het archief: de partituur van de Tweede symfonie en de muziek van De Vliegende Hollander ontbreken. De Tweede symfonie werd ingestuurd naar het Concours International Musical Reine Elisabeth de Belgique van het jaar 1953. Het werk kreeg de vijfde prijs. Het door Vermeulen ingezonden manuscript is in de archieven van het Concours achtergebleven. Noch van de Eerste symfonie noch van de Tweede is een (potlood) schets-partituur overgeleverd. Vanaf de Derde symfonie bewaarde Vermeulen zijn potlood-versie wel.
Het manuscript van de muziek bij De Vliegende Hollander is sinds de zomer van 1930 om onduidelijke redenen in de archieven van het LSC (Minerva) blijven liggen. Gelukkig waren er in Parijs fotografische reproducties van de partituur gemaakt. Die konden na de oorlog ook dienen voor de aanmaak van dirigentenpartituren van Donemus.
Toen Vermeulens weduwe naspeuringen deed bij het Bestuur van het LSC in de vroege jaren '70 vernam zij dat de partituur wel degelijk berustte in het archief. Hoewel in 1930 niet in een overeenkomst was vastgelegd dat het handschrift na de opvoering eigendom zou blijven van het LSC beriep het Bestuur zich op verjaring. Zo keerde de partituur niet terug naar Laren.